Sau khi Abe chính thức từ chức tháng 12 năm 2007, Fukuda tuyên bố sẽ ra ứng cử vào chức chủ tịch Đảng Dân chủ Tự do (LDP), đồng nghĩa với việc ứng cử chức Thủ tướng - do Đảng LDP chiếm đa số ghế tại Hạ nghị viện. Fukuda đã nhận được một sự ủng hộ to lớn cho những cuộc vận động của ông, bao gồm cả phe lớn nhất trong Đảng LDP, của Ngoại trưởng Nobutaka Machimura, mà Fukuda là một thành viên. Bộ trưởng Tài chính Fukushiro Nukaga‎, người ban đầu định ra ứng cử chức chủ tịch LDP cũng hậu thuẫn Fukuda. Đối thủ cạnh tranh duy nhất của Fukuda - Taro Aso, đã công khai thừa nhận thất bại một tuần trước cuộc bầu cử.

Trong cuộc bầu cử, ngày 23 tháng 12, Fukuda bỏ xa đối thủ Aso, nhận được 330 phiếu bầu (chiếm 63%) so với 197 của Aso. Fukuda chính thức được bầu làm Chủ tịch thứ 22 của Đảng cầm quyền LDP, đồng nghĩa với việc trở thành Thủ tướng thứ 91 của Nhật Bản vào ngày 25 tháng 12. Ông nhận được 338 phiếu, hơn 100 phiếu so với cần thiết để chiếm đa số tại Hạ nghị viện; mặc dù Thượng nghị viện, chiếm đa số bởi Đảng Dan chủ đối lập, bầu cho Ichiro Ozawa hơn Fukuda từ 133 đến 106 phiếu. Nó thể hiện sự chiếm ưu thế hơn hẳn của Hạ nghị viện, theo như điều 67 của Hiến pháp Nhật Bản.

Fukuda và chính phủ của ông chính thức ra mắt Nhật hoàng Akihito vào ngày 26 tháng 12.

Ngày 1 tháng 9 năm 2008, ông Fukuda tuyên bố từ chức do không vượt qua được những chia rẽ trong Quốc hội. Ông hiện là hội viên Câu lạc bộ Madrid.